Chlamýdiová infekcia, sérotypmi D-K, sa u 50% nakazených mužov a 80% infikovaných žien neprejavuje. Pri ostatných pacientov so spravidla do 3 týždňov od rizikového pohlavného styku rozvinú symptómy uretritídy (zápal močovej trubice), a to hlavne u mužov - pálenie a rezanie pri močení, častá potreba močenia s malým množstvom moču, nočné močenie, výtok z močovej trubice. Ženy môžu mať podobné problémy tiež, ale skôr sa u nich rozvíja cervicitída (zápal krčka maternice) s vaginálnym výtokom a diskomfortom počas pohlavného styku (pálenie, bolesť). Zápal sa z krčka maternice šíri vzostupne pohlavným ústrojenstvom a môže viesť až k zápalu malej panvy, zjazvenie tkanív a neplodnosti. Pri zápaloch malej panvy býva horúčka, bolesť v podbrušku a niekedy dokonca nevoľnosť a zvracanie. U mužov sa zápal presúva do nadsemenníka (epididymitída) a prejavuje sa tak jeho bolestivosťou, zdurením a začervenaním v oblasti miešku.

Vo výnimočných prípadoch dochádza k rozvoju tzv. Reiterová syndrómu, ktorý sa rozvíja na podklade imunitné reakcie organizmu. Do obrazu tohto syndrómu patrí spomínaná uretritída, ďalej konjunktivitída (zápal očnej spojivky, väčšinou jednostranný) a artritída (zápal kĺbov, predovšetkým na dolných končatinách, jednostranný).

Pri nákaze novorodenca hrozí bábätku rozvoj konjunktivitídy a novorodenecké pneumónia (zápal pľúc).

Pacienti s jednou pohlavnou chorobou sú viac ohrození ďalšie pohlavne prenosnou infekciou. Chlamýdie sa typicky vyskytujú spolu s kvapavkou, a je teda nutné pomýšľať aj na toto ochorenie.

Ostatné sérotypy, sa v našich zemepisných šírkach nevyskytujú, resp. stretávame sa s ňou len v prípade, že sa pacient nakazí v krajinách výskytu a vráti sa infikovaný späť do Európy. Prejavuje sa úplne inak ako infekcia sérotypy D-K. V mieste prenosu chlamýdií sa vytvorí vred a dôjde k zdureniu miestnych lymfatických uzlín - k tomu môže dôjsť na genitálu, ale aj v blízkosti análneho otvoru alebo v ústnej dutine. Záleží na spôsobe prenosu. Ak sa ochorenie nelieči, choroba postupuje a vytvára sa hnisavé ložiská na genitálií a v uzlinách, ktorá ničí priľahlú tkanivo a deformujú ju. Tieto sérotypy chlamýdií tiež spôsobujú tzv. Trachóm - zápalové ochorenie štruktúr oka vedúce k zjazveniu a ku slepote.